用于PCR和储存的低结合微板
聚丙烯(PP)是聚合酶链反应管的最佳塑料材料,因为它具有化学惰性,耐溶剂,非常适合注射成型-允许生产具有最佳聚合酶链反应结果的薄壁管。
DNA已经被证明可以与PP管结合,特别是在高离子强度下,尽管这种材料具有非常疏水的性质。不同的PP聚合物用于聚合酶链反应消耗品的生产,由于它们的特性(包括表面电荷)不同,因此它们结合DNA的数量也不同。
DNA与PP表面的结合通常只是反应管和存储容器的问题,而不是PCR/qPCR管的问题。粘附在管壁上的DNA要么在变性过程中被释放,要么仍然可以进行扩增。
然而,由于体积小型化的进展和新技术,如下一代测序(NGS),PCR/qPCR管也越来越多地被推荐用于可能需要超低DNA结合的其他应用。
- 低结合特性由选定的低结合聚合物产生,不使用涂层来实现结合特性
- 样品不受污染或修改
- 在较宽的温度范围内测试
- 在低温储存和高温培养后DNA的最大回收率
- 在NGS样品制备和文库构建过程中,培养步骤和样品转移过程中没有DNA损失
- 非常适合于具有超低DNA输入的敏感应用
实验数据
线性DNA与不同PP聚合物的结合
试验装置
构建10倍稀释序列,包含线性1176 bp的产物(从质粒ACTA1消化,TA克隆到pGemT载体),DNA浓度为10 ng/µl, 1 ng/µl, 0.1 ng/µl和0.010 ng/µl。
将各浓度的DNA分别取50µl置于PCR板上,37℃孵育30分钟。然后将DNA转移到下一行PCR板上,再孵育30分钟。该过程重复7次,使DNA在8个不同的试管中共孵育240分钟。所有转移步骤均采用市面上可买到的低绑定提示(康宁)。
随后使用IdT (Integrated DNA Technology)设计的ACTA1引物和探针,对每种DNA浓度的2µl进行qPCR分析,并与原始稀释系列的2µl(每次qPCR运行总DNA输入= 2 ng至0.002 ng)进行比较。
实验结果
比较了三种不同的PCR板:
- a) PCR板,由4韧低结合PP聚合物制成的管
- b) PCR板,用聚丙烯聚合物制成的试管
- c)竞争对手E提供的市面上可买到的低装订版
图2显示了不同DNA浓度的Ct值。蓝线为未在PCR管中孵育的对照DNA,红线为所述PCR管中孵育的DNA。ΔCt用绿色表示。
对于不结合任何可检测到的DNA痕迹的塑料材料,红色和蓝色线应该相同(ΔCt = 0)(微小的差异可能是由于移液不准确造成的)。
4titude低结合材料(a)显示了几乎理想的模式,唯一的小偏差是最小的ΔCt 0.44个周期的DNA浓度为0.002 ng/µl。
另一种内部PP聚合物(b)平行测试显示,最低DNA浓度下,与ΔCt的显著DNA结合可达2.57个循环。从竞争对手E (c)的市售“低结合”PCR板中获得了一个惊人的相似模式,ΔCt高达2.92个循环。
结果清楚地显示了4韧低结合PP聚合物的优越性能,表明在敏感应用如下一代测序样品制备方面具有优势。
不同温度下基因组DNA与低结合PP聚合物的结合
对4韧低结合聚丙烯进行了进一步的实验。
在相同的实验条件下重复上述实验,使用小鼠基因组DNA(溶解在5 mM Tris-HCl pH 8.0中)代替测试三种不同培养温度的ACTA1片段(4°C为反应混合物的典型贮存温度,37°C为酶反应的典型贮存温度,65°C为酶变性的典型贮存温度)。使用KAPA SYBR Fast qPCR主混合物在相同DNA浓度下进行qPCR比较。
图3显示了4°C孵育的标准曲线,显示了孵育样品与对照样品的4种不同输入浓度的Ct值。其他温度下的结果是可以比较的。
表1显示了所有不同实验条件下的Ct值-确认在8个不同试管中培养240分钟的样品与未进行PCR塑料表面处理的对照样品之间几乎没有差异。
Ct值 | Ct SD | ΔCt | |
培养温度:4°C | |||
20 ng / rxn | 无孵化19.97 | 没有孵化0.01 | -0.2 |
孵化后19.77 | 孵化后0.01 | ||
2 ng / rxn | 没有孵化22.93 | 没有孵化0.08 | -0.06 |
孵化后22.87 | 孵化后0.05 | ||
0.2 ng / rxn | 未孵化26.44 | 没有孵化0.03 | -0.06 |
孵化后26.38 | 孵化后0.05 | ||
0.02 ng / rxn | 没有孵化29.61 | 没有孵化0.14 | 0.25 |
孵化后29.86 | 孵化后0.10 | ||
孵化温度:37°C | |||
20 ng / rxn | 未孵化19.85 | 没有孵化0.02 | -0.21 |
孵化后19.64 | 孵化后0.05 | ||
2 ng / rxn | 没有孵化22.93 | 没有孵化0.06 | -0.16 |
孵化后22.77 | 孵化后0.05 | ||
0.2 ng / rxn | 没有孵化26.28 | 没有孵化0.03 | 0.10 |
孵化后26.37 | 孵化后0.05 | ||
0.02 ng / rxn | 没有孵化29.49 | 没有孵化0.45 | 0.08 |
孵化后29.57 | 孵化后0.36 | ||
培养温度:65°C | |||
20 ng / rxn | 没有孵化18.51 | 没有孵化0.04 | -0.73 |
孵化后17.78 | 孵化后0.01 | ||
2 ng / rxn | 未孵化21.41 | 没有孵化0.003 | -0.16 |
孵化后21.26 | 孵化后0.02 | ||
0.2 ng / rxn | 没有孵化24.69 | 没有孵化0.13 | -0.18 |
孵化后24.51 | 孵化后0.03 | ||
0.02 ng / rxn | 没有孵化28.57 | 没有孵化0.23 | -0.42 |
孵化后28.15 | 孵化后0.56 |
表1:不同温度下基因组DNA与低结合PP聚合物的结合-所有不同实验条件下的Ct值
实验数据:不同温度下DNA黏附的比较数据由我们的日本合作伙伴Nippon Genetics提供。
以下低绑定板可订购现成的,但额外的产品具有超低绑定性能,可根据要求提供。阅读少▲