用于PCR和储存的低结合微板

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聚丙烯(PP)是聚合酶链反应管的最佳塑料材料,因为它具有化学惰性,耐溶剂,非常适合注射成型-允许生产具有最佳聚合酶链反应结果的薄壁管。

DNA已经被证明可以与PP管结合,特别是在高离子强度下,尽管这种材料具有非常疏水的性质。不同的PP聚合物用于聚合酶链反应消耗品的生产,由于它们的特性(包括表面电荷)不同,因此它们结合DNA的数量也不同。阅读更多▼

用于PCR和储存的低结合微板

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图2

聚丙烯(PP)是聚合酶链反应管的最佳塑料材料,因为它具有化学惰性,耐溶剂,非常适合注射成型-允许生产具有最佳聚合酶链反应结果的薄壁管。

DNA已经被证明可以与PP管结合,特别是在高离子强度下,尽管这种材料具有非常疏水的性质。不同的PP聚合物用于聚合酶链反应消耗品的生产,由于它们的特性(包括表面电荷)不同,因此它们结合DNA的数量也不同。

DNA与PP表面的结合通常只是反应管和存储容器的问题,而不是PCR/qPCR管的问题。粘附在管壁上的DNA要么在变性过程中被释放,要么仍然可以进行扩增。

然而,由于体积小型化的进展和新技术,如下一代测序(NGS),PCR/qPCR管也越来越多地被推荐用于可能需要超低DNA结合的其他应用。

  • 低结合特性由选定的低结合聚合物产生,不使用涂层来实现结合特性
  • 样品不受污染或修改
  • 在较宽的温度范围内测试
  • 在低温储存和高温培养后DNA的最大回收率
  • 在NGS样品制备和文库构建过程中,培养步骤和样品转移过程中没有DNA损失
  • 非常适合于具有超低DNA输入的敏感应用

实验数据

线性DNA与不同PP聚合物的结合

图1:线性DNA与不同PP聚合物的结合-实验设置
图1

试验装置

构建10倍稀释序列,包含线性1176 bp的产物(从质粒ACTA1消化,TA克隆到pGemT载体),DNA浓度为10 ng/µl, 1 ng/µl, 0.1 ng/µl和0.010 ng/µl。

将各浓度的DNA分别取50µl置于PCR板上,37℃孵育30分钟。然后将DNA转移到下一行PCR板上,再孵育30分钟。该过程重复7次,使DNA在8个不同的试管中共孵育240分钟。所有转移步骤均采用市面上可买到的低绑定提示(康宁)。

随后使用IdT (Integrated DNA Technology)设计的ACTA1引物和探针,对每种DNA浓度的2µl进行qPCR分析,并与原始稀释系列的2µl(每次qPCR运行总DNA输入= 2 ng至0.002 ng)进行比较。

实验结果

比较了三种不同的PCR板:

  • a) PCR板,由4韧低结合PP聚合物制成的管
  • b) PCR板,用聚丙烯聚合物制成的试管
  • c)竞争对手E提供的市面上可买到的低装订版

图2显示了不同DNA浓度的Ct值。蓝线为未在PCR管中孵育的对照DNA,红线为所述PCR管中孵育的DNA。ΔCt用绿色表示。

图2:线性DNA与不同PP聚合物的结合-qPCR比较
图2

对于不结合任何可检测到的DNA痕迹的塑料材料,红色和蓝色线应该相同(ΔCt = 0)(微小的差异可能是由于移液不准确造成的)。

4titude低结合材料(a)显示了几乎理想的模式,唯一的小偏差是最小的ΔCt 0.44个周期的DNA浓度为0.002 ng/µl。

另一种内部PP聚合物(b)平行测试显示,最低DNA浓度下,与ΔCt的显著DNA结合可达2.57个循环。从竞争对手E (c)的市售“低结合”PCR板中获得了一个惊人的相似模式,ΔCt高达2.92个循环。

结果清楚地显示了4韧低结合PP聚合物的优越性能,表明在敏感应用如下一代测序样品制备方面具有优势。

不同温度下基因组DNA与低结合PP聚合物的结合

对4韧低结合聚丙烯进行了进一步的实验。

图3:不同温度下基因组DNA与低结合PP聚合物的结合-示例标准曲线
图3

在相同的实验条件下重复上述实验,使用小鼠基因组DNA(溶解在5 mM Tris-HCl pH 8.0中)代替测试三种不同培养温度的ACTA1片段(4°C为反应混合物的典型贮存温度,37°C为酶反应的典型贮存温度,65°C为酶变性的典型贮存温度)。使用KAPA SYBR Fast qPCR主混合物在相同DNA浓度下进行qPCR比较。

图3显示了4°C孵育的标准曲线,显示了孵育样品与对照样品的4种不同输入浓度的Ct值。其他温度下的结果是可以比较的。

表1显示了所有不同实验条件下的Ct值-确认在8个不同试管中培养240分钟的样品与未进行PCR塑料表面处理的对照样品之间几乎没有差异。

Ct值 Ct SD ΔCt
培养温度:4°C
20 ng / rxn 无孵化19.97 没有孵化0.01 -0.2
孵化后19.77 孵化后0.01
2 ng / rxn 没有孵化22.93 没有孵化0.08 -0.06
孵化后22.87 孵化后0.05
0.2 ng / rxn 未孵化26.44 没有孵化0.03 -0.06
孵化后26.38 孵化后0.05
0.02 ng / rxn 没有孵化29.61 没有孵化0.14 0.25
孵化后29.86 孵化后0.10
孵化温度:37°C
20 ng / rxn 未孵化19.85 没有孵化0.02 -0.21
孵化后19.64 孵化后0.05
2 ng / rxn 没有孵化22.93 没有孵化0.06 -0.16
孵化后22.77 孵化后0.05
0.2 ng / rxn 没有孵化26.28 没有孵化0.03 0.10
孵化后26.37 孵化后0.05
0.02 ng / rxn 没有孵化29.49 没有孵化0.45 0.08
孵化后29.57 孵化后0.36
培养温度:65°C
20 ng / rxn 没有孵化18.51 没有孵化0.04 -0.73
孵化后17.78 孵化后0.01
2 ng / rxn 未孵化21.41 没有孵化0.003 -0.16
孵化后21.26 孵化后0.02
0.2 ng / rxn 没有孵化24.69 没有孵化0.13 -0.18
孵化后24.51 孵化后0.03
0.02 ng / rxn 没有孵化28.57 没有孵化0.23 -0.42
孵化后28.15 孵化后0.56

表1:不同温度下基因组DNA与低结合PP聚合物的结合-所有不同实验条件下的Ct值

实验数据:不同温度下DNA黏附的比较数据由我们的日本合作伙伴Nippon Genetics提供。

以下低绑定板可订购现成的,但额外的产品具有超低绑定性能,可根据要求提供。阅读少▲